Сюжет берёт начало с того момента Чистого неба, когда Стрелок смог оторваться от Шрама, двигаясь через Выжигатель. Он связывается с Доктором, который в это время поджидал его у заветного места, чтобы обсудить и реализовать дальнейший план похода. Мы снова пройдём через Припять, неизведанные части станции, увидим пугающие и страшные явления Зоны, испытаем экшн, хардкор и в то же время отчуждённость и одиночество. Своего рода предыстория заканчивается на том же моменте, что и в прошлой части, а дальше...
Основная сюжетная линия крайне точно отражает название части - Другая реальность. Каждый бывалый игрок знает, как начинался сюжет ТЧ, как в результате случайных совпадений мы выживаем, оказываемся на Кордоне и дальше выполняем задания на надоедливого торговца, ищем Стрелка и в конце концов всё узнаём. Но никто никогда не задумывался - а что, если бы всё произошло не так? Что, если главный герой не оказывается сначала на Кордоне? Что, если ему не достаётся задание убить самого себя, а убить Стрелка должен кто-то другой? Суть игры в корне меняется, а что из этого вытекает - неизвестно. Основное расследование игры теперь построено иначе, однако сохранились и некоторые основные оригинальные квесты.
Кроме сильно изменённой оригинальной сюжетной линии интегрировано несколько мини-сюжетов со своими квестами и расследованиями:
- Поиск артефакта "Ведьмин студень".
- Война с бандитами.
- Работа на торговца по кличке Баркас.
- Тайна наёмников.
Некоторые сюжетные линии переплетаются друг с другом.

- Добавлена и заселена локация Мёртвый город. Основная цель - приблизить атмосферу локации к её названию. Вы встретите тёмный, мрачный, страшный город, со своими жителями и опасностями. Что выжить, одного умения стрелять может быть недостаточно. Также на локацию добавлено несколько уникальных нычек и комбезов, так что любителям поиска хорошего хабара будет чем заняться. С локацией связано несколько сюжетных квестов.
- Добавлена локация Тёмная лощина. Мрачное, страшное место, убежище многих малоизвестных группировок. Назначение локации будет не как в билдах - гулять придётся без транспорта.

Погода.
- Переделана мрачная и облачная погода, добавлены новые скайбоксы.
- Исправлены все баги, связанные с погодой: туман в лабораториях, сбой таймера из-за которого происходило такое явление, как вечная ночь.
- Уменьшена доля дождливой погоды. Дождя уже практически нет, на текстурах лёгкий иней.
- Заменена почти вся амбиент озвучка. Вырезано 100500 мегабайт лишних на мой взгляд звуков, переработан существующий амбиент.
- Выключены грозы. Поздней осенью их в принципе не бывает.
- Исправлены все текстуры амбиента в соответствии с цветом неба. Устранены режущие глаза пересветы. В прошлой версии можно было встретить такую неприятную картину - тёмное небо и светлое окружение. В этой части подобный недочёт исправлен.
- Заменены некачественные текстуры неба с пиксельными шумами РГБ.

Текстуры.
- Заменены половина текстур коры деревьев на более удачные аналоги. И текстуры камней в том числе.
- Заменены текстуры земли, подправлен террайн на каждой из локаций на более холодный и естественный цвет земли, ближе к серому.
- Заменены текстуры лиственного покрова. Теперь это не сплошное непонятное мессиво, а вполне реалистичная, чёткая текстура опавшей листвы.
- Улучшены текстуры иконок. Направление - ближе к оригинальному стилю.
- Заменены неудачные текстуры веток деревьев на более реалистичные.
- Отредактированы текстуры травы под ещё более естественный цвет, плюс добавлен слабый эффект инея.
В общем, главной моей целью было довести графику до атмосферного совершенства. Насколько мне это удалось - решать вам.